Las federaciones autonómicas actúan en el territorio de una Comunidad Autónoma, Comunidad Foral o Ciudad Autónoma, regulada por una ley específica emitida por cada autoridad de esa demarcación, que marca su organización y funcionamiento.
Sus funciones son paralelas a las de la FEDME pero con el marco territorial en el que se inscriben. Y ejercen labores de coordinación con los clubes.
En materia de senderos, son las encargadas de la gestión integral para su territorio de todo lo concerniente a las marcas de GR®, PR® y SL®, cedidas por convenio para su uso exclusivo por la FEDME en su territorio, con sujeción a los criterios generales emanados de la nacional.
